Im Frühjahr 1990 findet nach vielen Jahren in der Fahrnauer Festhalle wieder ein Familienabend statt. Das unter der Regie von Ralf Detterbeck in der voll besetzten Halle Dargebotene war bemerkenswert. Auch die sportliche Talfahrt hatte ein Ende. Im zweiter Trainerjahr von Norbert Fellhauer erreichte der FV Fahrnau als Tabellenzweiter die Aufstiegsrunde zur Kreisliga A. In zwei spannenden Aufstiegsspielen bei TFC GG Steinen
(2 : 2) und gegen den FC Bad Bellingen (2 : 1) setzte man sich letztlich verdient durch und schaffte den Aufstieg in die Kreisliga A.
Im September 1990 verstirbt der Ehrenvorsitzende Erwin Wöhrle.
Im Oktober 1990 veranstaltet der Verein zusammen mit der “Luckys Black Forest Brass Band” mit großem Erfolg ein Konzert in der Stadthalle Schopfheim. Diese Veranstaltung wird in den kommenden Jahren wiederholt.
In der Generalversammlung am 11.01.1991 wird Karl Schmid zum zweiten Ehrenvorsitzenden in der Vereinsgeschichte des FV Fahrnau gewählt. Nach nur einem Jahr Zugehörigkeit zur Kreisliga A steigt der FV Fahrnau wieder ab. Bemerkenswert war jedoch die errungene Meisterschaft der zweiten Mannschaft in der Kreisliga C unter Betreuer Klaus Neumann. Mit dem Abstieg der ersten Mannschaft verlässt Trainer Norbert Fellhauer den Verein und sucht eine neue Herausforderung beim FC Hauingen.
Da der Abgang von Norbert Fellhauer rechtzeitig bekannt war, konnte das Traineramt mit Karlheinz Klingele aus Lörrach problemlos besetzt werden. Zuvor feierte man im Rahmen einer Sportwoche im Juni 1991 noch das 70jährige Bestehen. Höhepunkt war das Freundschaftsspiel gegen den großen Stadtrivalen SV Schopfheim, den man durch drei Tore von Klaus Jäckh mit 3 : 0 besiegte.
Das Jahr 1991 endet wieder mit einem schmerzlichen Verlust für den Verein. So verstirbt am 25. Dezember mit Heinz Zimara ein langjähriges verdientes Mitglied.
Am 22.01.1993 wird in der Generalversammlung von den Mitgliedern eine Jugendordnung beschlossen, welche vom Verband zwingend vorgeschrieben wird. Auch wenn der Aufstieg in die Kreisliga A nicht gelang, so konnte man dennoch in sportlicher Hinsicht wieder stolz auf die 1. Mannschaft sein. Im Südbadischen Vereinspokal besiegt man in der ersten Runde den Landesligisten SV Simonswald mit 3 : 2. In der zweiten Runde schickte man den FC Freiburg-St. Georgen (Landesliga) mit 2 : 1 Toren nach Hause. Erst in der dritten Runde besiegelte der nächste vorgewarnte und hochmotivierte Landesligist, SV Simonswald, das Aus im Südbadischen Vereinspokal. Mit 0 : 12 unterlag man dem übermächtigen Gegner.
In der nächsten Zeit folgten außer den regulären Vereinsaktivitäten keine Besonderheiten. Erfreulich ist, dass man mittlerweile von einer eingefleischten Vorstandschaft sprechen kann. So ergeben die Generalversamm-lungen seit 1991 keine nennenswerten Änderungen.
Zu den erfreulichsten Ereignissen zählt im Jahr 1995 die Fertigstellung unserer Flutlichtanlage. Dabei wurde die komplette Anlage des FC Zell abgebaut und bei uns wieder aufgebaut. Dadurch mindern sich die ursprünglich veranschlagten Kosten von 50.000 DM auf 17.000 DM. Eigenleistungen und Zuschüsse von der Stadt Schopfheim und dem Sportbund entlasten den Verein zusätzlich.
Sportlich hatte man wieder Trainerprobleme im Aktivbereich zu bewältigen. Nach einer Niederlagenserie trennt man sich nach der Winterpause von Karlheinz Klingele. Dessen Nachfolger wird im März Jürgen Brachwitz, der sofort einen sportlichen Aufschwung bewirkte. Eine schwere Krankheit zwang diesen jedoch bereits im August 1994 zur Aufgabe. Michael Gomke wird in einer Funktion als Spielertrainer zum Nachfolger bestimmt. Die Saison 1994/95 schließt man als Tabellendritter der Kreisliga B ab.
In den darauffolgenden beiden Spielzeiten scheitert man jeweils knapp in den Bemühungen aufzusteigen. Höhepunkt am Ende der Saison 1995/96 waren die Festaktivitäten zum 75jährigen Jubiläum des FV Fahrnau vom 24. bis 30. Juni. Unter anderem konnte die Traditionself des SC Freiburg für ein Spiel gegen eine Wiesental-auswahl verpflichtet werden. Unter anderem spielte die Südbadische Auswahl der Pfarrer gegen eine Prominentenelf. Nicht fehlen durfte das Derby gegen den SV Schopfheim.
Eine schwierige Situation hat man im Laufe der Saison 1997/98 zu bewältigen. Aufgrund einer plötzlichen schweren Erkrankung fällt Spielertrainer Michael Gomke für längere Zeit aus. In dieser Zeit übernehmen erst Thomas Gsell und dann Jürgen Jäckh die Betreuung der 1. Mannschaft. Die Situation war für alle nur schwer zu verdauen.
Nach seiner Genesung übernimmt Michael Gomke wieder den Trainerposten der 1. Mannschaft. In der Saison 1997/1998 gelingt, nicht zuletzt wegen der Zugänge vom SV Schopfheim, die Meisterschaft in der Kreisliga B und somit der langersehnte Aufstieg.
Nach anfänglichen Schwierigkeiten in der Spielzeit 1998/ 99 steigert sich unsere Mannschaft. Dank einer starken Rückrunde sichert man sich den Klassenerhalt in der Kreisliga A. Erstaunlich ist die Entwicklung der zweiten Mannschaft. Nachdem sämtliche AH-Spieler nicht mehr für eine komplette Saison in der Kreisliga C auszuhelfen bereit waren, glaubte man schon, die 2. Mannschaft vom Spielbetrieb zurückziehen zu müssen. Markus Jäckh, der die Betreuung vom Christian Zimara übernahm, war es zu verdanken, dass in kurzer Zeit eine völlig neuformierte junge Mannschaft zur Verfügung stand.
In der kommenden Saison 1999/00 übernimmt Thomas Schulz den Trainerposten der Aktiven. Michael Gomke bleibt dem Verein jedoch als Spieler erhalten. Positiv ist das Bemühen des neuen Trainers, das Leistungsgefälle zwischen der ersten und der zweiten Mannschaft abzubauen, was jedoch nur in Ansätzen gelingt. Sportlich gelingt der ersten Mannschaft unter Thomas Schulz ein Höhenflug. In der Abschlusstabelle belegt man den hervorragenden 3. Rang. Auch in der zweiten Mannschaft sind Fortschritte zu verzeichnen und man belegt in der Endabrechnung in der Kreisliga C den guten 5. Tabellenplatz.
